Na terenie Nadleśnictwa Sobibór utworzono 7 rezerwatów przyrody o łącznej powierzchni prawie 1700 ha.

W granicach rezerwatów znajdują się wszystkie śródleśne jeziora i najciekawsze przyrodniczo tereny.

Rezerwat „Małoziemce"

Rezerwat faunistyczny mający na celu ochronę jednej z największych kolonii czapli siwej na Lubelszczyźnie. Powstał w 1988 roku, obejmuje trzy oddziały lasu przylegające od wschodu do linii kolejowej Chełm – Włodawa. Czaple zbudowały tutaj na olchach, sosnach i grabach około 80 gniazd, z których część zajmowana jest regularnie. W części środkowej rezerwatu na obrzeżu lasu rosną dwa okazałe pomnikowe dęby. Powierzchnia rezerwatu wynosi 37,99 ha.

Rezerwat „Trzy Jeziora"

Rezerwat torfowiskowy utworzony w 1996 roku w celu ochrony bardzo zróżnicowanych zbiorowisk torfowiskowych, wodnych oraz leśnych. Występuje tutaj wiele rzadkich gatunków roślin (głównie torfowiskowych) oraz zwierząt. Na terenie rezerwatu leżą jeziora: Brudno (pow. 41,10 ha) i Płotycze (17,16 ha), które z sąsiadującym od strony północno- zachodniej jeziorem Brudzieniec stanowią jeden system hydrologiczny. Jeziora są otoczone i połączone ze sobą rozległymi torfowiskami. W jeziorze Płotycze występuje rzadka roślina mięsożerna aldrowanda pącherzykowata. Powierzchnia rezerwatu wynosi 751,37 ha.

Rezerwat „Brudzieniec"

Rezerwat wodno - torfowiskowy utworzony w 1973 roku w celu ochrony zbiorowisk wodnych oraz podmokłych lasów. Zajmuje bezodpływową kotlinę śródleśną z dystroficznym jeziorem Brudzieniec (18,16 ha) w centrum. Wraz z rezerwatem „Trzy Jeziora" tworzy jeden obiekt ochronny (rezerwaty do siebie przylegają). Przedniotem ochrony są mało przekształcone zbiorowiska roślinności wodnej, bagiennej, torfowiskowej i leśnej oraz wiele gatunków roślin chronionych i rzadkich. Powierzchnia rezerwatu wynosi 36,61 ha.

Rezerwat „Żółwiowe Błota"

Rezerwat faunistyczny utworzony w 1988 roku w celu ochrony największej rozpoznanej populacji żółwia błotnego w Europie. Rezerwat obejmuje zarówno miejsca stałego przebywania żółwi (cieki, jeziora, stawy, torfowiska z oczkami wodnymi, olsy) jak i lęgowiska oraz miejsca zimowania. Szczególną opieką objęto lęgowiska (luki, zręby i uprawy z ubogą roślinnością napiaskową). Dla rezerwatu charakterystyczne jest zróżnicowanie zbiorowisk roślinnych. Dominują tutaj bagienne lasy brzozowo – olchowe, ale spory udział mają również bory sosnowe. Rezerwat jest miejscem występowania wielu rzadkich i zagrożonych gatunków roślin. Są wśród nich między innymi: wierzba lapońska i borówkolistna, brzoza niska, trzy gatunki rosiczek, lepnica litewska. Poza żółwiem błotnym rezerwat jest ostoją orlika krzykliwego, bociana czarnego, gągoła, bobra, wydry i wilka.

Rezerwat obejmuje między innymi 3 jeziora: Koseniec (26,67 ha), Perespa (28,41 ha), Wspólne (69,97 ha) oraz przylegające do nich zarastające byłe stawy ,,Zawołocze". „Żółwiowe Błota" stanowią dogodny obiekt obserwacji sukcesji na opuszczonych łąkach wsi Irkuck (aktualnie dominujące zbiorowisko – brzezina bagienna). Powierzchnia rezerwatu wynosi 724,08 ha.

Rezerwat „Jezioro Orchowe"

Rezerwat wodno – torfowiskowy utworzony w 1996 roku w celu ochrony zbiorowisk wodno – torfowiskowych z unikalną florą naczyniową. Przedmiotem ochrony jest stale podtapiane, wydłużone torfowisko wraz z dystroficznym jeziorem Orchowe (8,42 ha). W rezerwacie dominują torfowiska przejściowe, ich strefę okrajkową zajmują olsy lub zbiorowiska zaroślowe. Na torfowiskach występuje wiele ciekawych gatunków roślin (wierzba borówkolistna i lapońska, brzoza niska, trzy gatunki rosiczek). Od strony północnej z rezerwatem sąsiadują ubogie siedliska borów suchych z ciekawym runem porostowym. Powierzchnia rezerwatu wynosi 59,95 ha.

Rezerwat „Magazyn"

Rezerwat torfowiskowy utworzony w 1996 roku dla zachowania torfowisk niskich oraz podmokłych siedlisk leśnych. Część wschodnią rezerwatu stanowi rozległe, stale podtapiane turzycowisko z wyraźną strukturą kępiastą. W części zachodniej dominują bagienne siedliska leśne – olsy i bory mieszane wilgotne. Powierzchnia rezerwatu wynosi 51,98 ha.

Rezerwat „Serniawy"

Rezerwat leśny utworzony w 1965 roku chroniący stary drzewostan na siedliskach łęgowych, olsowych i grądowych. Urozmaiceniem leśnego krajobrazu jest niewielki strumień przepływający przez północną część rezerwatu. Poza wieloma pomnikowymi jesionami i dębami interesujące w rezerwacie jest runo leśne z wieloma rzadkimi gatunkami roślin. Do ciekawszych gatunków należą: żywiec cebulkowy i gruczołowaty, listera jajowata, wydmuchrzyca zwyczajna. Charakterystycznym elementem runa jest masowo rosnący bluszcz pospolity.

W rezerwacie gnieżdżą się rzadkie gatunki ptaków (muchówki mała i białoszyja), występuje tu również kilka gatunków ginących bezkręgowców. Powierzchnia rezerwatu wynosi 38,00 ha.