Ochrona lasu ogólnie ma za zadanie zabezpieczenie lasu przed szkodami wyrządzanymi przez czynniki abiotyczne, biotyczne i antropogeniczne. Czynniki abiotyczne to np. silne wiatry, mróz, okiść, powodzie, susza. Czynniki biotyczne to np. owady powodujące szkody, grzyby pasożytnicze, zwierzyna. Czynniki antropogeniczne to np. pożary, skażenie powietrza, szkody górnicze itp.
Rola Nadleśnictwa polega głównie na działaniu zapobiegawczym mającym na celu zminimalizowanie przewidywanych szkód do poziomu gospodarczo znośnych przy jak najmniejszej ingerencji w środowisko.
W Nadleśnictwie Sobibór w ostatnich latach duże szkody spowodowały silne wiatry. Huragan w lipcu 2007 r. uszkodził drzewostany na powierzchni ok. 114,68 ha, w lipcu 2008 r. na powierzchni ok. 9,91 ha.
Poważnym problemem jest w Nadleśnictwie jest huba korzeniowa, która atakuje drzewostany sosnowe na gruntach porolnych a drzewostany takie zajmują około 56 % powierzchni nadleśnictwa. Są to w większości duże powierzchnie jednowiekowych monokultur sosnowych. Są one w różnym stopniu zaatakowane przez hubę korzeniową. Nadleśnictwo w celu ograniczenia rozprzestrzeniania się huby stosuje szczepienie pniaków po ściętych drzewach grzybem Phlebiopsis gigantea konkurencyjnym w stosunku do huby.
Do najbardziej dotkliwych szkodników upraw na terenie naszego Nadleśnictwa należy szeliniak sosnowy, który uszkadza strzałki sadzonek. Nadleśnictwo prowadzi działania zabezpieczające nowo zakładane uprawy na kilka sposobów tj. zabezpieczanie sadzonek poprzez zamaczanie strzałek w roztworze preparatu owadobójczego, wykładanie pułapek z wałków sosnowych, pułapek feromonowych, dołków chwytnych, otaczanie upraw rowkiem izolacyjnym.
Nadleśnictwo prowadzi na bieżąco obserwacje zagrożenia lasu przez owady. Są to między innymi:
• kontrola występowania szkodników korzeni
• kontrola występowania szkodników liściożernych np.:
coroczne poszukiwania szkodników pierwotnych sosny na wyznaczonych powierzchniach podokapowych,
kontrola występowania brudnicy mniszki za pomocą pułapek feromonowych i transektów, kontrola występowania owadów uszkadzających drewno
Osłabione drzewostany na gruntach porolnych są podatne na zasiedlenie przez szkodniki wtórne (przypłaszczka granatka, cetyńce). W celu ograniczenia ich występowania na bieżąco usuwane są drzewa zasiedlone,
w odpowiednim terminie korowane. Nadleśnictwo stosuje również wykładanie pułapek klasycznych i feromonowych na szkodniki wtórne.
Dużym problemem na naszym terenie stanowią szkody powodowane przez zwierzynę. Szczególnie kłopotliwy jest łoś, którego populacja ostatnio bardzo wzrosła. Nadleśnictwo zabezpiecza uprawy stosując różnego rodzaju repelenty, osłonki indywidualne i grodzenie upraw.
Coraz częściej obserwuje się na naszym terenie podtapianie drzewostanów spowodowane przez działalność bobrów, które budują tamy na ciekach wodnych.